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上集退休被洗去記憶的特警K(湯美李鍾斯)於今集擔任郵局局長，對MIB全無記憶。他的舊拍檔J(韋 史密夫)成為最優秀特警，在調查一宗外星人案件時，揭發外星人侵襲地球大陰謀。能夠阻止這場浩劫的只有K，故此J設法令K恢復記憶。事件又涉及一名曾目睹外星人的Laura(羅莎莉奧·多遜)，但J寧願違反MIB守則也不肯向她洗腦。且看J與K能否有力對抗入侵地球的外星力量．．．...

1973年，第四次以阿戰爭爆發，埃及聯合敘利亞攻打以色列，以軍一架有核彈的戰機被擊落墜毀，機上一枚仍未發射的核彈與飛機殘骸長埋沙漠。29年後，這枚核彈被兩名平民發掘，並以400美元的廉價賣出，在經過多次轉手之後，落入一群信奉新納粹主義的恐怖份子手中，他們打算藉此策劃一場核爆，捏造連串假象，再嫁禍美俄雙方，意圖煽動雙方關係。 俄羅斯總統猝死，身份神秘的繼任人接掌政權，中情局總監威廉急召政治分析員傑克評估形勢。車臣受化學武器猛烈襲擊，新總統承認責任，但傑克相信幕後黑手另有其人。恐怖份子在欖球賽場上...

20 年前，一個身上有印記的女嬰在曼克頓一間醫院出世。她出世的消息傳到了梵蒂岡，因為這是幾個世紀以來一直令人恐懼的時刻。經籍預言了她的到來，而一場不可避免的倒數計時展開。紐約市，1999 年 12 月 28 日。當新千禧年即將來臨之際，一股超自然的恐怖力量即將被釋放出來。如果沒有這個人的力量，人類肯定會陷入末世浩劫。...

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