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斧江財團位於北海道函館的收藏庫，收到了來自怪盜基德的預告信。 基德這次的目標，是與幕末的新選組副長．土方歲三有關的日本刀。尋求大寶石的基德，為何會盯上刀……？另一方面，關西的名偵探．服部平次與柯南等人，也為了在函館舉辦的劍道大賽而造訪當地，預告犯罪日當天，平次成功識破基德的偽裝，並將他逼入絕境，然而……！？ 同一時間，在函館倉庫街上發現一具胸前有十字刀痕的遺體。在調查過程中浮出水面的，是在亞洲一帶以軍火商身分行動，被稱為「死亡商人」的日裔美籍男子。 他在尋找戰時與軍需產業有密切關係，斧江家第一...

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